Le processus de désignation des sites du réseau écologique européen est pratiquement achevé. Les différents États européens entrent aujourd’hui dans la phase de gestion. D’un pays à l’autre, similitudes et différences…

La charte Natura 2000 prévoit l’exonération de la taxe foncière sur les propriétés non bâties. Cet élément est-il susceptible d’emporter l’adhésion des propriétaires et de les conduire à contractualiser ? L’expérience menée sur trois sites pilotes de Haute-Loire laisse entendre que l’argument est peu convaincant par rapport à la reconnaissance des bonnes pratiques de gestion existantes.

En Franche-Comté, la commune de Nans-sous-Sainte-Anne signe un contrat Natura 2000 forestier. Elle restaure une forêt alluviale et finance, par ce biais, les surcoûts liés à l'exploitation des bois par débardage avec câble-mât.

Le Parc naturel régional Millevaches en Limousin s’est assuré que toute lande sèche agricole (classée ou non Natura 2000) peut prétendre à des aides agroenvironnementales.

Trois types d’outils sont utilisés pour la gestion des sites Natura 2000 : les outils réglementaires existant indépendamment de Natura 2000 qui encadrent ou interdisent certaines activités ; les outils contractuels (contrats et chartes) ; le régime d’évaluation des incidences qui évolue aujourd’hui.