Plus de 25 % des espèces animales et végétales des forêts, soit plusieurs milliers, résident dans le bois mort ou dans des imperfections des arbres vivants ou dépérissants. Les défauts des arbres constituent des milieux de vie de petite dimension, communément appelés micro-habitats. Les cavités vides, comme les trous de pics, sont utilisées comme abris contre le mauvais temps ou les prédateurs, ou bien comme sites de reproduction, par des chauves-souris, des rongeurs et par 40 % des oiseaux forestiers. Les cavités remplies de terreau de bois en décomposition sont habitées par des champignons, des lichens, des mousses et des assemblages complexes d’insectes qui se nourrissent de ce terreau, de champignons ou d’insectes. Les fentes et les écorces décollées sont recherchées par certaines chauves-souris spécialistes, des oiseaux, des punaises et des araignées. Les pertes d’écorce permettent à des champignons et des insectes de se nourrir du bois mis à nu.
Parfois, des cavités se creusent dans le bois ou se forment entre deux troncs et maintiennent de l’eau stagnante : ce sont des dendrotelmes. En Europe, seules quatorze espèces d’insectes sont capables de vivre dans ce milieu très particulier, mais six d’entre-elles ne vivent que dans ce micro-habitat. Les fructifications des champignons lignivores sont elles-mêmes des micro-habitats pour des insectes et pour des champignons parasites. Les rares écoulements de sève nourrissent quelques espèces d’insectes.
Toutes les espèces d’arbres ne se comportent pas de la même façon vis-à-vis des micro-habitats. Par exemple, dans les hêtraies-sapinières de montagne, le hêtre porte beaucoup plus de micro-habitats que le sapin pectiné, mais les deux arbres sont complémentaires car seul le sapin porte des coulées de sève et le hêtre fournit la quasi-intégralité des dendrotelmes et des cavités à terreau. Tous les arbres de la même espèce ne portent pas de micro-habitats. Les très gros et vieux arbres portent beaucoup plus souvent des micro-habitats que les plus petits et certains micro-habitats leur sont spécifiques.
Dans les forêts gérées, la conservation de très gros arbres d’espèces différentes est indispensable à la diversité de la vie forestière.