Sur une île peuplée par l’homme depuis seulement la fi n du 17e siècle, l’idée de recréer l’écosystème « d’avant l’arrivée de l’homme » est séduisante. Mais les connaissances sont trop fragmentaires et le milieu trop dégradé ou transformé depuis pour en avoir une image fidèle. L’objectif à long terme est donc de retrouver un écosystème fonctionnel ayant avant tout une vocation expérimentale et pédagogique. Un site accessible –à 30 minutes de marche à pied- est alors choisi pour y planter des espèces présentes dans les zones relictuelles alentour.

Originale, la biodiversité des marais atlantiques est liée à l’élevage extensif. Aussi en 1998, sur l’espace naturel sensible du Daviaud1, le comité scientifique de l’écomusée existant, a préconisé le développement de l’élevage en émettant un double souhait : que le cheptel du musée (vaches, chevaux, mouton, ânes) soit constitué de races anciennes, que la gestion agricole soit conforme aux règles de l’agriculture biologique. 
Un programme qui résulte de la vision holistique du territoire propre aux écomusées mais qui, hors du cadre théorique, tourne rapidement au casse-tête.

Chaque site Natura 2000 fait l’objet d’un document d’objectifs. Sa procédure d’élaboration, telle qu’elle est prévue par les textes, laisse une large place à la concertation, dans le but d’aboutir à un document plus négocié qu’imposé. Cette concertation est organisée au travers du comité de pilotage Natura 2000, obligatoirement associé à l’élaboration du document, et dont la composition est arrêtée par le préfet du département (ou le commandant de la région terre si le site relève entièrement du ministère de la Défense).