Les évaluations du plan de gestion se résument la plupart du temps en une analyse de l’avancement des opérations (fait, pas fait, engagé, ...). Il manque tout le volet évaluation des résultats de la gestion et tout particulièrement de l’état de conservation du patrimoine naturel. Or, dans le contexte actuel, rendre des comptes sur les finances publiques, par une évaluation continue des résultats de la gestion va devenir une nécessité.

Après dix années de suivi, dans le cadre du protocole Suivi temporel de oiseaux communs (Stoc), Réserves naturelles de France a décidé de dresser un état des populations d’oiseaux communs observés au sein des réserves, d’en calculer les tendances d’évolution et de les comparer avec celles observées au niveau national. Le Stoc, protocole d’évaluation des tendances d’évolution des effectifs des espèces d’oiseaux les plus communes en France, est réalisé parallèlement depuis maintenant une dizaine d’années dans un nombre toujours croissant de réserves naturelles (65 en 2011).

Originale, la biodiversité des marais atlantiques est liée à l’élevage extensif. Aussi en 1998, sur l’espace naturel sensible du Daviaud1, le comité scientifique de l’écomusée existant, a préconisé le développement de l’élevage en émettant un double souhait : que le cheptel du musée (vaches, chevaux, mouton, ânes) soit constitué de races anciennes, que la gestion agricole soit conforme aux règles de l’agriculture biologique. 
Un programme qui résulte de la vision holistique du territoire propre aux écomusées mais qui, hors du cadre théorique, tourne rapidement au casse-tête.