Il existe de nombreux moments où les citoyens se réapproprient l'activité politique au sein de leur territoire et acquièrent, dans le même temps, de nouveaux savoirs ou de nouvelles compétences. Mobilisés pour contester un projet d’aménagement ou d’exploitation de ressources naturelles, ou bien invités à une procédure participative comme une consultation d'usagers (voir ci-dessous), ils entrent alors en situation d’enquête, au cours de laquelle ils compilent des informations, construisent un savoir sur un enjeu, débattent, entrent en conflit, argumentent, tentent de s’accorder...

Réaliser un inventaire généralisé de la biodiversité permet d'établir un état des lieux approfondi de la biodiversité notamment à l’échelon communale. C'est également un point de départ pour instaurer un dialogue entre élus, naturalistes et gestionnaires sur la question de la prise en compte de l’environnement dans les politiques publiques. C'est ainsi par le biais du programme Atlas de biodiversité communale (ABC) que celui du Parc national des Pyrénées se déploie.

Dans de nombreux cas, gestionnaires et scientifiques collaborent. Pour autant, une question demeure : à quelles conditions un programme scientifique peut-il être entrepris ? Ne risque-t-il pas d’interférer avec les objectifs de l’espace protégé ? En effet, il n’est pas rare que prévale une démarche laissant entendre que « connaître, c’est déjà protéger », cette préséance de la connaissance ne va pas de soi. Il serait judicieux d’adopter un principe de protection.

La recherche peut-elle être au cœur du partenariat entre gestionnaires d’espaces protégés, acteurs locaux et scientifiques ? Peut-elle être un outil permettant de mettre en œuvre le projet de territoire ? Une telle démarche est développée dans le Parc amazonien de Guyane. En mai 2011, les services et le conseil scientifique de cette aire protégée ultramarine ont élaboré un document stratégique intitulé « Politique de connaissance et de participation à la recherche scientifique ».