Depuis 1992, le syndicat mixte du Parc naturel régional du Haut-Jura conduit sur son territoire une politique de gestion des cours d’eau. Cette décision fait suite aux graves inondations, érosions de berges et destructions d’ouvrages intervenues en 1990 et 1991 lors de deux crues cinquantenales. De 1994 à 1999 le PNR a ainsi assuré la maîtrise d’ouvrage du premier contrat de rivière de Franche-Comté concernant la Bienne et l’Orbe.

Une approche hâtive pourrait amener à penser que la recherche d’économies, à laquelle s’astreignent l’État et ses opérateurs, pourrait se traduire par une moindre efficacité de l’action publique et par une perte de compétence des établissements publics. Adapter les missions aux moyens disponibles, définir de nouvelles priorités, concentrer les moyens sur les enjeux essentiels, tout cela doit au contraire être regardé comme une occasion de gagner en efficacité.

Depuis la loi de Protection de la nature de 1976, des mesures compensatoires doivent accompagner tout projet d’aménagement générant des pertes résiduelles de biodiversité. Des composantes essentielles de biodiversité sont cependant exclues de la pratique actuelle de compensation et un cadre méthodologique pour l’intégration des services écologiques dans les mesures compensatoires reste à construire.

Sur près de dix-sept kilomètres, le cours du moyen Verdon abrite un poisson emblématique et menacé, l’apron du Rhône. Cette rivière convoitée est aménagée avec plusieurs barrages hydroélectriques, aussi les lacs artificiels qui la jalonnent ont conduit au développement d’une activité touristique. Ainsi, en période estivale, certains secteurs connaissent de fortes pressions de fréquentation avec le développement des activités d’eau vive qui ont un fort impact sur le milieu naturel de reproduction de l’apron.