Le sol en bordure des cours d’eau possède un vaste réservoir de semences. Lors d’épisodes de crues, la couche superficielle est décapée, modifiant fortement la végétation de ripisylve. Dans le cadre de travaux sur le canal usinier de la Durance, EDF a réalisé des lâchers d’eau de mai à octobre 2011, assimilés à des crues contrôlées. L’entreprise s’est alors interrogée sur les effets que peuvent avoir de tels déversés (130 m3/s) sur les groupements végétaux de bords de cours d’eau et sur la résilience des communautés végétales après une telle perturbation.

La Plateforme intergouvernementale pour la biodiversité et les services écosystémiques (IPBES) a publié en 2016 sa première évaluation portant sur les pollinisateurs, la pollinisation et la production alimentaire. Ce rapport révèle qu’« un grand nombre d'espèces d’abeilles sauvages et de papillons ont connu des déclins en termes d’abondance, de présence et de diversité aux échelles locales et régionales en Europe ».

Réaliser un inventaire généralisé de la biodiversité permet d'établir un état des lieux approfondi de la biodiversité notamment à l’échelon communale. C'est également un point de départ pour instaurer un dialogue entre élus, naturalistes et gestionnaires sur la question de la prise en compte de l’environnement dans les politiques publiques. C'est ainsi par le biais du programme Atlas de biodiversité communale (ABC) que celui du Parc national des Pyrénées se déploie.

Le milieu marin est la dernière frontière de la conservation ; acquisitions des connaissances et mises en place de zones protégées y sont très largement en retard par rapport au milieu terrestre. Les contraintes associées aux difficultés à travailler en mer limitent en effet l’acquisition des connaissances nécessaires à la gestion.