Compte tenu de son érosion actuelle, la prise en compte de la biodiversité dans les politiques, stratégies et actions est devenue incontournable. Pour être efficace, celle-ci doit s’appuyer sur la connaissance scientifique matérialisée dans la littérature (articles académiques, thèses de doctorat, rapports d’expertise, etc.). Il s’agit d’un véritable enjeu de bon usage des finances publiques car appliquer des mesures de conservation qui ne reposent sur aucun fondement scientifique peut se révéler sans effet voire contre-productif.

L'arrachage des peupliers est souvent nécessaire pour restaurer des zones humides. On peut citer la vallée de la Loire, qui, comme d'autres, ne peut concilier plantations et intérêts de la biodiversité. Dans les basses vallées angevines, un programme Life pour la restauration du Râle des genêts (lire Espaces naturels n° 51, p. 51) a nécessité le déssouchage de la peupleraie. Une pratique légitimée par la loi Biodiversité de 2006¹.

Les gestionnaires attentifs à la qualité des écosystèmes forestiers savent combien la continuité temporelle de l'état boisé est un paramètre important pour la biodiversité. L'équation n'est cependant pas si simple car l'ancienneté d’une forêt n'est pas systématiquement synonyme de plus grande biodiversité.

Originale, la biodiversité des marais atlantiques est liée à l’élevage extensif. Aussi en 1998, sur l’espace naturel sensible du Daviaud1, le comité scientifique de l’écomusée existant, a préconisé le développement de l’élevage en émettant un double souhait : que le cheptel du musée (vaches, chevaux, mouton, ânes) soit constitué de races anciennes, que la gestion agricole soit conforme aux règles de l’agriculture biologique. 
Un programme qui résulte de la vision holistique du territoire propre aux écomusées mais qui, hors du cadre théorique, tourne rapidement au casse-tête.