La perte et la fragmentation de l’habitat sont de plus en plus étudiées en écologie et en génétique des populations. Ces deux phénomènes sont difficilement séparables et sont souvent considérés comme ayant des effets négatifs sur les populations sauvages. Ils peuvent conduire à une diminution de la taille des populations et à une limitation des flux de gènes entre populations, entraînant ainsi une réduction de la diversité génétique de chacune des populations locales et une plus grande différenciation entre elles.

L’établissement de listes rouges représente un élément clé des stratégies visant à attirer l’attention sur les espèces les plus menacées. Pour ce faire, l’UICN a proposé une méthode devenue incontournable. Elle permet de quantifier le risque d’extinction sur la base de critères objectifs et autorise une hiérarchie en cinq catégories. Mais la mise en œuvre de cette méthode rencontre des écueils : certains groupes, comme les plantes, sont très riches en espèces et les données concernant leurs tendances évolutives ne sont documentées que pour quelques-unes d’entre elles.

La question de l’opérationnalité de la phytosociologie fait débat auprès des lecteurs (et auteurs) d’Espaces naturels :
− dans un article du numéro 20 (octobre 2007), Marc Cheylan ne lui reconnaissait qu’une efficacité d’outil cartographique pour décrire la composition des communautés végétales ;

Ce qui est frappant dans la réhabilitation de Beauport, c’est l’adaptation d’une méthodologie issue du milieu naturaliste à une problématique monument historique explique Laurence Meiffret, conservatrice. « Avant de bouger la moindre pierre, nous nous sommes livrés à un inventaire exhaustif de la faune et de la flore présentes sur le site. Nous avons étudié le rapport qu’entretenaient le bâti et l’humain. Seulement, il était impensable de mettre au même niveau le cadre naturel et le monument. Il fallait faire un choix.