La solution novatrice du fonds fiduciaire a été expérimentée par le Mexique dans sa mission de protection d'une espèce emblématique, protagoniste d'un miracle migratoire (lire encadré) : le papillon monarque. Sur le sol mexicain, l'effort de protection de cette espèce a été partagé par le gouvernement et les organisations sociales et privées notamment pour limiter l'exploitation forestière illégale dans son habitat d'hivernage.

Le premier défi des aires marines gérées localement est de concilier sécurité alimentaire et conservation de la biodiversité. En effet, de nombreuses personnes dépendent de la pêche comme principale activité de subsistance. Les solutions envisagées pour réduire la pression de la pêcherie traditionnelle sur les écosystèmes (surexploitation, pêche à la dynamite, etc.) doivent prendre en compte également la lutte contre la pauvreté. Or la course à la création de réserves marines ou de parcs protégés soulève des questions sur leur efficacité et leur éthique.