Les menaces sur les paysages et le caractère naturel du Jabal Moussa (voir ci-dessous) sont diverses et bien réelles. L’ouverture et l’agrandissement de routes, de pistes, de carrières de rochers ou de sable affectent de nombreuses montagnes du Liban. L'urbanisation progresse rapidement à partir de la côte et gagne vers la montagne. Jusqu'à quand épargnera-t-elle le Jabal Moussa ?

Sur près de dix-sept kilomètres, le cours du moyen Verdon abrite un poisson emblématique et menacé, l’apron du Rhône. Cette rivière convoitée est aménagée avec plusieurs barrages hydroélectriques, aussi les lacs artificiels qui la jalonnent ont conduit au développement d’une activité touristique. Ainsi, en période estivale, certains secteurs connaissent de fortes pressions de fréquentation avec le développement des activités d’eau vive qui ont un fort impact sur le milieu naturel de reproduction de l’apron.

Désormais, les inventaires du patrimoine naturel seront plus aisés à mettre en œuvre mais aussi plus transparents. En effet, la collecte des données est maintenant encadrée par l’article L. 411-5 du code de l’environnement issu de la loi n° 2002-276 du 27 février 2002 relative à la démocratie de proximité (JO du 28/02/02). Celui-ci prévoit que « les dispositions de la loi du 29 décembre 1892 sur les dommages causés à la propriété privée par l’exécution des travaux publics sont applicables à l’exécution des opérations nécessaires à la conduite de ces inventaires ».

En 2002, le gouvernement français décide de créer un groupe de travail national sur les forêts tropicales humides. Cette décision répond à une préoccupation exprimée notamment par les mouvements écologistes lors d’une conférence de la convention sur la diversité biologique en 2002 à La Haye. Ils y dénonçaient l’absence d’engagement fort de la France dans la lutte contre le recul des forêts tropicales.