Les menaces sur les paysages et le caractère naturel du Jabal Moussa (voir ci-dessous) sont diverses et bien réelles. L’ouverture et l’agrandissement de routes, de pistes, de carrières de rochers ou de sable affectent de nombreuses montagnes du Liban. L'urbanisation progresse rapidement à partir de la côte et gagne vers la montagne. Jusqu'à quand épargnera-t-elle le Jabal Moussa ?

Le point de départ du processus de rapprochement entre les politiques agricoles et environnementales a pour origine le règlement de l'Union européenne de 1992 qui rend obligatoire les mesures agro-environnementales. La loi d'orientation agricole de 1999 confirme cette évolution en précisant que « la politique agricole prend en compte la préservation des ressources naturelles, la biodiversité et l'entretien des paysages ».

Dans le marais, un héron s’agite bougeant nerveusement la tête de haut en bas et de droite à gauche. L’oiseau se bat avec une proie qui ne cesse de s’agiter, s’allonger, s’enrouler, qui finit par lui échapper puis qu’il capture à nouveau. Au bout de plusieurs minutes, la proie semble maîtrisée et le héron va s’offrir un déjeuner à la saveur réputée, et autrefois bien connu. L’anguille, résistante, mais qui finit par céder, c'est le résumé de son état de conservation défavorable.

Sur près de dix-sept kilomètres, le cours du moyen Verdon abrite un poisson emblématique et menacé, l’apron du Rhône. Cette rivière convoitée est aménagée avec plusieurs barrages hydroélectriques, aussi les lacs artificiels qui la jalonnent ont conduit au développement d’une activité touristique. Ainsi, en période estivale, certains secteurs connaissent de fortes pressions de fréquentation avec le développement des activités d’eau vive qui ont un fort impact sur le milieu naturel de reproduction de l’apron.