Élément du développement des territoires, les infrastructures de transport contribuent directement ou indirectementà la perte globale de biodiversité. Néanmoins, avec des emprises représentant une surface supérieure aux parcs nationaux métropolitains, plusieurs acteurs du transport cherchent aujourd’hui à diminuer les impacts écologiques des infrastructures existantes ou en projet.

Organisés autour de la biodiversité, les observatoires peuvent être qualifiés d'observatoires « de contexte » ou « de société ». Le portage de ces observatoires par des structures impliquant directement des élus locaux (collectivités territoriales, syndicats mixtes...) apparaît comme un facteur de réussite. À ce jour, onze observatoires de la biodiversité à l’échelle de territoires de projet sont dénombrés :

L’idée d’un jumelage entre sites naturels du Conservatoire du littoral situés de part et d’autre de l’Atlantique est venue en réponse à l’isolement géographique de l’archipel de Saint-Pierre et Miquelon par rapport au réseau de sites du Conservatoire du littoral, et pour appuyer la mise en place d’une gestion de site naturel qui n’existait pas avant l’intervention du Conservatoire du littoral. À ce moment-là, en 2005, le SyMEL (Syndicat Mixte des Espaces Littoraux de la Manche) bénéficiait par contre déjà d’une expérience de gestion de sites de près de 20 ans.

Entre la France et l’Allemagne, une coopération d’un genre particulier est en marche. Projet pilote, il vise la création d’une trame verte et bleue transfrontalière dont le tracé évolue dans la Réserve de biosphère transfrontalière (RBT) Vosges du Nord – Pfälzerwald. Sa déclinaison concrète prévoit entre autres la création d’écoponts et de passerelles à gibier. Si les porteurs du projet aiment à souligner les succès de cette collaboration mise en place depuis 1983, c’est que ce travail constitue un long chemin pavé d’ornières.