La collectivité de Strasbourg dispose d’un important patrimoine arboré sur l’espace public (80 000 arbres) géré quotidiennement et subissant les impacts de nombreux aménagements. Avant toute intervention, il est nécessaire de s'assurer de l'absence d'espèces protégées ou d'indices de présence, et, en cas d'atteinte à une partie d'habitat naturel, de s'assurer du maintien d'habitats exploitables¹ par les animaux.

Les propriétaires doivent doter leurs forêts de garanties de gestion durable. Autrement dit, les forêts doivent en principe être gérées conformément à un document de gestion forestière établi sur vingtans (document d'aménagement en forêt publique relevant du régime forestier ou plan simple de gestion dans les forêts des particuliers de plus de 25 ha¹). En particulier en forêt publique, l’enjeu est d’arriver à trouver l’équilibre entre les fonctions écologique, économique, sociale et de protection des risques, équilibre qui peut être très différent d’une forêt à l’autre.

Réaliser un inventaire généralisé de la biodiversité permet d'établir un état des lieux approfondi de la biodiversité notamment à l’échelon communale. C'est également un point de départ pour instaurer un dialogue entre élus, naturalistes et gestionnaires sur la question de la prise en compte de l’environnement dans les politiques publiques. C'est ainsi par le biais du programme Atlas de biodiversité communale (ABC) que celui du Parc national des Pyrénées se déploie.

Depuis plusieurs années, l'Onema contribue à la formation des agents de la direction des routes du département de l'Hérault. Pourtant le premier contact, en juillet 2011, avait de quoi refroidir : les services départementaux de l'Onema de l'Hérault et du Tarn intervenaient pour constater une infraction de remblaiement d'une zone humide de type tourbière à la Salvetat-sur-Agoût avec destruction des habitats d'espèces protégées (Drosera roduntifolia).