Originale, la biodiversité des marais atlantiques est liée à l’élevage extensif. Aussi en 1998, sur l’espace naturel sensible du Daviaud1, le comité scientifique de l’écomusée existant, a préconisé le développement de l’élevage en émettant un double souhait : que le cheptel du musée (vaches, chevaux, mouton, ânes) soit constitué de races anciennes, que la gestion agricole soit conforme aux règles de l’agriculture biologique. 
Un programme qui résulte de la vision holistique du territoire propre aux écomusées mais qui, hors du cadre théorique, tourne rapidement au casse-tête.

Contre la prolifération de l’écrevisse de Louisiane, l’équipe gestionnaire des marais du Vigueirat expérimente une technique de pêche visant à ne pas nuire aux autres espèces. Ni l’emploi de pesticides ni la mise en assecs courts ne sont efficaces contre cette espèce. En revanche, la pêche exerce une pression de prédation qui s’ajoute à celle de nombreux oiseaux. Une pêche spécifique a donc été mise en œuvre en 2005 mais des améliorations techniques ont dû lui être apportées pour ne pas engendrer de « dégâts collatéraux ».

Depuis quelques années, nombre de plans de restauration d’espèces menacées sont en œuvre. Renommés «plans d’actions depuis novembre 2008, ils ont été initiés par le ministère en charge de l’Écologie dans le cadre de la Stratégie nationale pour la biodiversité. Parmi ceux-là, le plan national d’actions en faveur des chiroptères1 cible les trente-quatre espèces de chauves-souris hébergées en France métropolitaine. C’est le seul plan actuellement en œuvre concernant plusieurs espèces sur l’ensemble du territoire métropolitain.

D’abord il faut s’entendre sur les mots, quand on parle de biodiversité : il s’agit du vivant, sous toutes ses expressions, depuis l’arrangement des gènes jusqu’aux grands cycles géochimiques de la planète. Les objectifs sont plus difficiles à préciser. La définition la plus généreuse serait : préserver les capacités du vivant à évoluer et à se diversifier sur le long terme.