Réaliser un inventaire généralisé de la biodiversité permet d'établir un état des lieux approfondi de la biodiversité notamment à l’échelon communale. C'est également un point de départ pour instaurer un dialogue entre élus, naturalistes et gestionnaires sur la question de la prise en compte de l’environnement dans les politiques publiques. C'est ainsi par le biais du programme Atlas de biodiversité communale (ABC) que celui du Parc national des Pyrénées se déploie.

Les deux territoires de parcs naturels régionaux (PNR) concernés par ce travail expérimental sont les PNR des Caps et marais d'Opale (CMO) et du Pilat. Réalisé par des conservatoires botaniques nationaux (CBN Bailleul et CBN Massif central), ce travail se distingue par l'échelle choisie : ensemble du territoire pour le Pilat soit 70 000 ha, territoire du Boulonnais pour CMO soit 60 000 ha. Le portage du programme était assuré par le PNR en CMO et par le CBN Massif central pour le Pilat.

Le but de la doctrine et du comité qui y a travaillé, était de clarifier et harmoniser les méthodes au plan national. Le comité de pilotage a validé en 2012 une doctrine nationale assez largement partagée afin de rappeler les principes qui doivent guider tant les porteurs de projets que l’administration, pour faire en sorte que les questions environnementales soient intégrées aux projets dès leur élaboration et persistent par la suite, tout en garantissant une homogénéité de traitement sur le territoire. La définition de la doctrine devrait améliorer la prise en compte des enjeux qui pèsent sur les milieux naturels terrestres, aquatiques et marins. 

Les Conservatoires d’espaces naturels, souvent sollicités pour la mise en oeuvre des mesures compensatoires, ont fait le choix de longue date de se positionner. Avec plusieurs exigences : respect des procédures, réalité effective des mesures d’évitement puis de réduction d’impact et, bien sûr, qualité des mesures compensatoires proposées - qu’elles apportent de vraies réponses au patrimoine dégradé.