Bannies de leurs habitats que sont les moissons d’hiver sous la pression d’une agriculture plus intensive, les plantes messicoles se sont raréfiées jusqu’à disparaître totalement de certaines régions de France métropolitaine. Alors que les cultures sur sols maigres, vouées à la consommation par le bétail de l'exploitation agricole sont encore des milieux favorables pour elles, à l’autre extrême, les plaines de grande culture ont été désertées par ce groupe de plantes annuelles, noyé dans le vaste ensemble des « mauvaises herbes ». 

En 1990, sous l’impulsion de l’Europe, l’État français met en place un programme de conservation des ressources génétiques des principales espèces forestières. Le peuplier noir, arbre emblématique des forêts alluviales, est identifié espèce prioritaire. Plusieurs menaces sont déterminées. La première correspond à l’altération, la fragmentation et la réduction de son habitat, engendrées par le développement de l’agriculture et des activités humaines.

Considérés il y a quelques dizaines d’années comme des espèces nuisibles, les rapaces sont aujourd’hui perçus, à juste titre, comme des éléments phares du patrimoine naturel. Ils font, depuis longtemps, l’objet d’actions de protection ciblées. Toutefois, leur préservation n’est pas encore garantie. Destruction directe, empoisonnement, altération de leurs habitats ou perturbation continuent de menacer la survie de ces oiseaux.
Les outils de gestion des sites Natura 2000 peuvent cependant contribuer à diminuer les causes de perturbation de ces espèces.