Originale, la biodiversité des marais atlantiques est liée à l’élevage extensif. Aussi en 1998, sur l’espace naturel sensible du Daviaud1, le comité scientifique de l’écomusée existant, a préconisé le développement de l’élevage en émettant un double souhait : que le cheptel du musée (vaches, chevaux, mouton, ânes) soit constitué de races anciennes, que la gestion agricole soit conforme aux règles de l’agriculture biologique. 
Un programme qui résulte de la vision holistique du territoire propre aux écomusées mais qui, hors du cadre théorique, tourne rapidement au casse-tête.

L’établissement de listes rouges représente un élément clé des stratégies visant à attirer l’attention sur les espèces les plus menacées. Pour ce faire, l’UICN a proposé une méthode devenue incontournable. Elle permet de quantifier le risque d’extinction sur la base de critères objectifs et autorise une hiérarchie en cinq catégories. Mais la mise en œuvre de cette méthode rencontre des écueils : certains groupes, comme les plantes, sont très riches en espèces et les données concernant leurs tendances évolutives ne sont documentées que pour quelques-unes d’entre elles.

Le sol résulte de la pédogenèse, c’est-à-dire de l’altération des roches sous l’influence conjuguée des facteurs climatiques, des activités biologiques et anthropiques. Il en résulte une grande variabilité de sols, dont le degré de développement diffère selon la durée et la succession de pédogenèses subies. Les caractéristiques physiques, chimiques et biologiques qui en découlent, impliquent des usages et des vulnérabilités spécifiques à chaque type de sol. Un sol limoneux, par exemple, est particulièrement apte à la production agricole, mais également très sensible à l’érosion.