Les terrains militaires sont des sites préservés de l’urbanisation et de l’agriculture intensive, et de précieux réservoirs de biodiversité. Leur volonté de favoriser la biodiversité est donc une bonne nouvelle pour les protecteurs de la nature. On recense déjà l’intégration de 42 000 hectares au réseau Natura 2000, soit un sixième des terrains propriétés du MINDEF. De plus, un troisième protocole d’accord a été signé en 2013 entre les ministères chargés de l’Écologie et de la Défense.

Originale, la biodiversité des marais atlantiques est liée à l’élevage extensif. Aussi en 1998, sur l’espace naturel sensible du Daviaud1, le comité scientifique de l’écomusée existant, a préconisé le développement de l’élevage en émettant un double souhait : que le cheptel du musée (vaches, chevaux, mouton, ânes) soit constitué de races anciennes, que la gestion agricole soit conforme aux règles de l’agriculture biologique. 
Un programme qui résulte de la vision holistique du territoire propre aux écomusées mais qui, hors du cadre théorique, tourne rapidement au casse-tête.

Les collines abruptes du massif des Maures étaient autrefois aménagées de multiples jardins en terrasses servant à étendre la superficie cultivable et à améliorer la qualité des sols dans un cadre de polyculture vivrière. Mais l’abandon agricole a entraîné la fermeture de ces espaces, repris par le maquis et la forêt, faisant tomber dans l’oubli ces aménagements qui, pourtant, marquaient si fortement le paysage.

Créé en février 1979, le Conservatoire botanique national méditerranéen de Porquerolles a pour mission fondamentale la conservation des plantes rares et menacées en région méditerranéenne française. Notamment à travers la lutte contre l’érosion génétique et le maintien de la diversité. Plus largement, il s’agit de préserver un maximum de possibilités d’adaptation pour l’avenir1.

Lorsqu’en 2003, non loin de la ville d’Arles, le Rhône inonde les anciens marais des Baux, des acteurs locaux s’interrogent : peut-on aller contre la nature ? Depuis 1960, un pompage électrique permanent assure le drainage de cette zone et, via un système de canaux, rejette l’eau en Méditerranée à cinquante kilomètres de là.
Les surfaces asséchées sont consacrées pour l’essentiel aux grandes cultures. Sur les trois mille hectares du site, seuls deux cents hectares humides – riches d’une biodiversité unique – subsistent encore par la volonté de quelques propriétaires.

Le projet débute en 2003, la Tour du Valat propose aux villageois d’un hameau de Camargue (550 habitants) de cogérer un marais dont elle est propriétaire. Seul cadre imposé : les activités développées doivent respecter les enjeux environnementaux et privilégier le multi-usage. En accédant à cet espace naturel auparavant fermé, les villageois pourront en bénéficier pour leurs loisirs comme pour l’exploitation des ressources. Un processus associant propriétaire, villageois, scientifiques et acteurs locaux (éleveurs, chasseurs…) doit permettre de définir les objectifs de gestion du site.