Sur l’île de Bagaud, le rat noir et la griffe de sorcière présentent d’importantes populations. Ces espèces exogènes envahissantes sont responsables de profondes modifications de la faune et de la flore indigènes ; c’est pourquoi, en 2010, le Parc national de Port-Cros a lancé un programme expérimental de restauration écologique (1) de l’île grâce à l’éradication de certaines espèces invasives. Planifié sur dix ans, ce projet est placé sous la responsabilité scientifique de l’Institut méditerranéen de biodiversité et d’écologie.

Après dix années de suivi, dans le cadre du protocole Suivi temporel de oiseaux communs (Stoc), Réserves naturelles de France a décidé de dresser un état des populations d’oiseaux communs observés au sein des réserves, d’en calculer les tendances d’évolution et de les comparer avec celles observées au niveau national. Le Stoc, protocole d’évaluation des tendances d’évolution des effectifs des espèces d’oiseaux les plus communes en France, est réalisé parallèlement depuis maintenant une dizaine d’années dans un nombre toujours croissant de réserves naturelles (65 en 2011).

Une approche hâtive pourrait amener à penser que la recherche d’économies, à laquelle s’astreignent l’État et ses opérateurs, pourrait se traduire par une moindre efficacité de l’action publique et par une perte de compétence des établissements publics. Adapter les missions aux moyens disponibles, définir de nouvelles priorités, concentrer les moyens sur les enjeux essentiels, tout cela doit au contraire être regardé comme une occasion de gagner en efficacité.

Pour préserver un patrimoine fruitier ancestral menacé face à la standardisation et à l’homogénéisation des variétés commercialisées ; pour assurer la pérennité d’un réservoir génétique, l’abbaye de Beauport présente aujourd’hui un verger conservatoire de trois cents pommiers hautes-tiges, entretenu par pâturage bovin/ovin. Mise en place depuis 1997, cette culture préserve la soixantaine de variétés exclusives du site. En effet, c’est au 18e siècle que remonte la première mention de vergers à l’abbaye de Beauport.

L'année de l’outre mer contient les germes d’une petite révolution. Elle provoque les gestionnaires d’espaces naturels et les interpelle sur la relation que la culture européenne entretient avec la nature.

Originale, la biodiversité des marais atlantiques est liée à l’élevage extensif. Aussi en 1998, sur l’espace naturel sensible du Daviaud1, le comité scientifique de l’écomusée existant, a préconisé le développement de l’élevage en émettant un double souhait : que le cheptel du musée (vaches, chevaux, mouton, ânes) soit constitué de races anciennes, que la gestion agricole soit conforme aux règles de l’agriculture biologique. 
Un programme qui résulte de la vision holistique du territoire propre aux écomusées mais qui, hors du cadre théorique, tourne rapidement au casse-tête.

La gestion des compétences constitue un véritable enjeu qu’en Écosse, d’ailleurs, nous avons négligé ces vingt dernières années ; avant de réaliser récemment combien nous faisions erreur.

En France, la restauration et la viabilité à long terme des populations de vautours fauve, moine et percnoptère dépendent en grande partie de leur lien avec l’élevage, notamment ovin, qui fournit par sa mortalité naturelle l’essentiel des ressources consommées par ces oiseaux. Du fait de la législation vétérinaire, le dépôt des carcasses doit se faire sur des « charniers ». […] Ce système doit pouvoir évoluer vers une distribution aléatoire des ressources trophiques [ce qu’offre] la multiplication des sites d’alimentation par la mise en place des sites de dépôt chez les éleveurs […].

Le souci de bonne gouvernance est au cœur des préoccupations des gestionnaires d'espaces protégés.
Concevoir une éthique collective et mettre en œuvre des règles de comportement fait partie de leurs préoccupations. Que les populations participent à l’élaboration des projets, aux côtés des acteurs gouvernementaux et non gouvernementaux, leur paraît essentiel. Mais comme gestionnaires, ils doivent insister particulièrement sur l'intégration des objectifs de conservation dans les politiques sociales et économiques.

Chapitre obligatoire du DOCOB, le budget en précise les orientations et conduit à identifier chacune des opérations élémentaires d’un projet, il permet aussi de définir les quantités : surfaces, linéaires ou durées. Dès lors, sous condition de disposer de prix unitaires de référence (cf. encadré), nationaux ou locaux, on peut aisément calculer les coûts de gestion du programme.